La Junta Directiva es el órgano de dirección política. Además de las funciones establecidas en los estatutos del ICCPG, debe establecer los lineamientos políticos generales sobre los cuales se debe dirigir su actuar. La Junta Directiva compuesta por cinco miembros es el ente encargado de dotar de dirección y asesoría técnica al equipo de trabajo del ICCPG, aprovechando el capital intelectual y profesional de sus integrantes.

La Dirección Ejecutiva del ICCPG tiene a su cargo la gerencia y representatividad integral de los distintos procesos políticos, programáticos, administrativos y financieros que se ejecutan; esto se lleva a cabo mediante la implementación de planes de monitoreo, elaborados en consenso, aplicando criterios de delegación, supervisión y evaluación. Mantiene constante comunicación con la Junta Directiva para la definición de la dirección política de la institución. Mantiene comunicación y coordinación permanente con las direcciones de los departamentos y las coordinaciones de los programas que forman el ICCPG, con el objeto de mantener coherencia entre las decisiones políticas y las acciones llevadas a cabo por el personal de la institución. Es el ente responsable de velar por que los departamentos y programas trabajen en forma coordinada y completen adecuadamente el ciclo institucional de trabajo.

El Departamento de Investigaciones se encarga de diseñar la política institucional de investigaciones. En la formulación de esa política se coordina con los demás departamentos y programas del ICCPG, para identificar las temáticas de mayor interés y trascendencia a nivel nacional, en materia de justicia penal y seguridad. Al definir esa política, el Departamento coordina, con el personal de los programas y consultores especializados, la adecuada realización de los procesos de investigación, desde la toma de decisión hasta la publicación de las mismas.

Contribuye en la producción de conocimiento oportuno, coherente y continuo para los actores sociales estatales y no estatales pertinentes. Asimismo, proporciona información a los actores estatales y organizaciones de la sociedad civil que les permita tomar decisiones en la búsqueda de fortalecimiento del Estado democrático de derecho y la promoción efectiva de la protección de los derechos humanos.

A partir de las investigaciones que elabora el ICCPG, se identifican los problemas que afectan el funcionamiento del sistema de justicia, así como sus causas y propuestas de solución. Muchos de estos problemas se refieren a la ausencia o deficiencias en políticas públicas, es por ello que a partir de los resultados de las investigaciones se elaboran e impulsan propuestas de solución a estas dificultades, para que tengan impacto en las políticas públicas, tales como la aprobación de leyes, creación de programas, procesos de fiscalización, entre otros.

El Departamento de Incidencia Política tiene como objetivos: diseñar planes de incidencia del ICCPG y estrategias puntuales; generar alianzas con otros actores de la sociedad civil, comunidad internacional, medios de comunicación y Estado; llevar a cabo acciones de cabildeo y otras técnicas de incidencia con actores clave en materia de justicia y seguridad; intervenir mediante recursos legales y/o presión social, para impedir la implementación de políticas públicas en materia de justicia y seguridad contrarias a los derechos humanos y a un Estado social democrático de derecho.

El Departamento de Capacitaciones tiene una importante función dentro del ciclo institucional del ICCPG, ya que es el encargado de desarrollar procesos formativos encaminados a facilitar la apropiación de conocimientos especializados en materia de política criminal democrática, a través de metodologías orientadas a favorecer procesos de cambio en el comportamiento de los participantes. Realiza propuestas para enfrentar las problemáticas fundamentales de la justicia, detectadas a partir de la investigación sobre la realidad social.

Este Departamento realiza actividades de identificación de necesidades de capacitación; analiza problemas en la administración de justicia y propuesta de temas de formación; coordina el diseño de planes de capacitación; define perfiles de personas beneficiarias, facilitadoras y docentes, y coordina la integración temática, ejecución, supervisión y evaluación de programas de formación; coordina la aplicación de la metodología institucional de formación; coordina procesos de sistematización y evaluación de los procesos formativos. De igual forma, coordina el relacionamiento con las distintas instancias de proyección del departamento.

El Departamento de Capacitaciones tiene una importante función dentro del ciclo institucional del ICCPG, ya que es el encargado de desarrollar procesos formativos encaminados a facilitar la apropiación de conocimientos especializados en materia de política criminal democrática, a través de metodologías orientadas a favorecer procesos de cambio en el comportamiento de los participantes. Realiza propuestas para enfrentar las problemáticas fundamentales de la justicia, detectadas a partir de la investigación sobre la realidad social.

Este Departamento realiza actividades de identificación de necesidades de capacitación; analiza problemas en la administración de justicia y propuesta de temas de formación; coordina el diseño de planes de capacitación; define perfiles de personas beneficiarias, facilitadoras y docentes, y coordina la integración temática, ejecución, supervisión y evaluación de programas de formación; coordina la aplicación de la metodología institucional de formación; coordina procesos de sistematización y evaluación de los procesos formativos. De igual forma, coordina el relacionamiento con las distintas instancias de proyección del departamento.